HYDRA es una ogranización subversiva de ámbito mundial, cuyo objetivo es la dominación del mundo. En su máximo esplendor, HYDRA fue la más poderosa y más extensa de las organizaciones en toda la historia. Los agentes de HYDRA portan uniformes de color verde, con una máscara que cubre toda su cabeza a excepción de la boca y ojos. La organización tomó el nombre de HYDRA haciendo referencia al monstruo mitológico de la antigua Grecia, que era una serpiente con múltiples cabezas, al que le crecían dos nuevas cabezas cada vez que se le cortaba una de ellas, y que además era portadora de un veneno altamente mortal (la hidra original existió en realidad, y murió a manos de Hércules como parte de uno de sus doce míticos trabajos). HYDRA tomó dicho nombre debido a su capacidad para reagruparse y aparecer más poderosa que nunca, después de sufrir cualquier derrota, y que le ha permitido sobrevivir durante décadas.
Durante este tiempo sin embargo, HYDRA ha sufrido profundas modificaciones, y ha sufrido un gran cambio ideológico, de manera que la HYDRA actual mantiene pocas semejanzas con la organización de antaño. El máximo responsable de la creación de HYDRA fue el Barón Wolfang von Strucker, el aristócrata prusiano que sirvió como alto comandante para la Alemania Nazi y líder de infames grupos como el Escuadrón Blitzkrieg. En numerosas ocasiones Strucker fue derrotado por el comando americano al mando del Sargento Nick Furia. En una de ellas Furia evitó que Strucker ejecutara a la población de una villa de la Francia ocupada, por este fracaso, Hitler ordenó a la Gestapo que lo capturaran y ejecutaran.
Strucker hubiera tenido pocas posibilidades de escapar de la Gestapo sino hubiera sido por la ayuda del Cráneo Rojo, el segundo hombre más poderoso de Alemania tras el Fürher, y que aspiraba a conquistar el mundo si se producía la derrota de Hitler. Con ese objetivo, el Cráneo Rojo ordenó a Strucker que creara una base en el lejano oriente, para que Cráneo Rojo la utilizara en un futuro. Con la ayuda de los hombres de Cráneo Rojo, y con la ayuda de algunos hombres fieles a él mismo, Strucker logró huir de Europa, el Barón no tenía intención de servir a nadie que no fuera a sí mismo, pero como necesitaba la ayuda de Cráneo Rojo, decidió seguirle el juego.
Al llegar a Japón, Strucker entró en contacto con organizaciones subversivas japonesas, que le informaron que estaban formando una sociedad secreta que tenía el objetivo de conquistar el mundo. Strucker tomó rápidamente el control de dicha sociedad que, bajo su mando, pronto empezó a aumentar su poder. Dirigidos por Strucker, se produjeron saqueos en las mayores fábricas de armas del mundo y en las tiendas de equipo militar. Gracias a ellos la sociedad pudo armarse y pasó a llamarse HYDRA.
Cuando Strucker consideró que HYDRA había alcanzado el pleno equipamiento, suprimió al HYDRA Supremo existente, que era un japonés, y se invistió él mismo con ese papel. Strucker dotó a HYDRA de una fuerte ideología fascista, y la organización tenía profundas influencias de la ideología nazi, esto, y que HYDRA tomara el nombre del monstruo mitológico, demuestran el poder de Strucker, incluso antes de ser nombrado HYDRA Supremo. El saludo de la organización ¡Hail HYDRA! Es una clara variación del ¡Hail Hitler! Nazi, y el saludo con el brazo en alto demuestran un culto casi religioso hacia la filosofía nazi, que tenía como credo la dominación del pueblo en función del estado, en este caso en función de la organización. Los lemas de la organización demuestran lo fanatizados que estaban "¡Hail HYDRA!, ¡HYDRA inmortal!, ¡Nunca seremos destruidos!, ¡Córtanos una cabeza y dos mas nos crecerán!, ¡Servimos al HYDRA Supremo y pronto el mundo nos servirá!". Siguiendo la creencia nazi de la superioridad del sexo masculino sobre el femenino, la presencia femenina en los agentes de HYDRA fue casi nula. Solo décadas después de su fundación Strucker permitió varias excepciones a esta regla, quizás las más notables fueron las de Laura Brown, hija del antiguo HYDRA Supremo Arnold Brown, o la de Madame HYDRA (más tarde conocida como Víbora).